1.耐受期(Immune tolerance phase)

我的B肝带原者多是在周产期或婴幼儿时期受到感染，一经感染后会处于耐受期阶段。此一时期的患者e抗原呈现阳性，血清中病毒DNA量，但患者的肝功能(ALT)正常或仅有轻微升高，肝组织也没有的肝炎活性。这是因为人体的反应尚未认识B肝病毒，因此持和平共处的状态，可长达20年之久，因此我20岁以前的B肝带原者多在耐受期。

2.清除期(Immune clearance phase)

20-40岁的时候，人体系统在未知的情形下开始活化，并会攻击被B肝病毒所感染的肝，而造成肝的破坏，此一时期的肝功能会出现的上下摆荡，甚至出现急性肝炎的症状，且因病毒受到攻击，血清中的病毒量会下降。清除期又称为「e抗原阳性慢性乙肝小三阳(HBeAg-positive chronic hepatitis B, HBeAg+ CHB)」。

在清除期时，患者有可分成两种，幸运的患者可能在1、2次的病毒廓清后，进入预后较佳的不活动带原期；但也有比较不幸的患者会不断经历反复的廓清作用，而使得肝出现纤化，继而演变成肝硬化或肝癌。

3.不活动带原期(Inactive carrier state)

随着病毒的清除，份患者能使e抗原转成阴性(HBeAg seroconversion)，甚至出现e抗体，肝功能也回复正常，虽然表面抗原仍为阳性，但e抗原呈阴性，血清中的病毒量很低，属于一个良性的病程。

带原者的预后主要是看清除期的时间长短，若急性发作时间愈久、愈，廓清时间愈长，患者的肝硬化及肝癌的风险愈大，因此愈快进入到不活动带原期的人愈好。根据我的乙肝小三阳，约有80%的带原者在40岁以前进入不活动带原期；但也有统计分析，此一时期的患者每年约有千分之一的机会仍可能演变成肝癌，因此医生仍会建议患者每年定期作肝癌筛检。

4.活化期(Reactivation state)

不活动带原期的患者经过约5-10年追踪，仍有2成到3成的患者会进入到B肝病毒再活化的阶段，也称为「e抗原阴性慢性乙肝小三阳(HBeAg-negative chronic hepatitis B, HBeAg- CHB)」，特征是肝功能及病毒量都会升高，但却没有e抗原的再现，这是因为病毒基因体某些位点突变所导致的现象。